रॉ ने भारतीय सेना और अन्य भारतीय सुरक्षा और खुफिया एजेंसियों के साथ बांग्लादेश के गठन में महत्वपूर्ण भूमिका निभाई। नीति निर्माताओं और सेना को खुफिया जानकारी प्रदान करने के अलावा, रॉ ने बांग्लादेश के अलग राज्य के लिए लड़ने वाले पूर्वी पाकिस्तानियों के एक समूह मुक्ति बाहिनी को प्रशिक्षित और सशस्त्र किया। म्यांमार में चीन समर्थक शासन के प्रति शत्रुतापूर्ण समूहों को सैन्य सहायता प्रदान की। लेकिन यह श्रीलंका में तमिल अलगाववादी समूह, लिबरेशन टाइगर्स ऑफ़ तमिल ईलम (लिट्टे) का समर्थन था, जिसने रॉ की मानवाधिकार संगठनों से बहुत आलोचना की। रॉ ने 1970 के दशक में लिट्टे को प्रशिक्षित करने और हथियार देने में मदद की, लेकिन 1980 के दशक में समूह की आतंकवादी गतिविधियों के बढ़ने के बाद दक्षिणी भारतीय राज्य तमिलनाडु में अलगाववादी समूहों के साथ इसके गठजोड़ सहित – रॉ ने यह समर्थन वापस ले लिया। 1987 में नई दिल्ली ने द्वीप पर शांति सेना भेजने के लिए श्रीलंकाई सरकार के साथ एक समझौता किया, और भारतीय सेना ने रॉ के सशस्त्र समूह से लड़ना समाप्त कर दिया। 1991 में शांति सेना की तैनाती के समय भारत के प्रधान मंत्री राजीव गांधी की लिट्टे के एक आत्मघाती हमलावर ने हत्या कर दी थी।
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अफगानिस्तान और पाकिस्तान में गुप्त कार्रवाई
1968 में अपनी स्थापना के बाद से रॉ का अफगानिस्तान की खुफिया एजेंसी एएचएडी के साथ घनिष्ठ संपर्क संबंध रहा है, क्योंकि इसने पाकिस्तान पर रॉ को खुफिया जानकारी प्रदान की है। 1980 के दशक की शुरुआत में इस रिश्ते को और मजबूती मिली जब रॉ, केएचएडी और सोवियत केजीबी से जुड़े त्रिपक्षीय सहयोग की नींव रखी गई। पाकिस्तान के कबायली इलाकों में सिख उग्रवादियों की गतिविधियों की निगरानी के लिए रॉ ने केएचएडी से सहयोग लिया। भारतीय राज्य पंजाब में सिख खालिस्तान के एक स्वतंत्र राज्य की मांग कर रहे थे।
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आईएसआई ने पाकिस्तान के पंजाब प्रांत और उत्तर पश्चिम सीमांत प्रांत में खालिस्तानी रंगरूटों को प्रशिक्षित करने और हथियार देने के लिए गुप्त शिविर स्थापित किए। इस समय के दौरान आईएसआई ने अफगानिस्तान में सोवियत सैनिकों के खिलाफ अफगान मुजाहिदीन को हथियार देने के लिए सऊदी अरब और सीआईए से बड़ी रकम प्राप्त की। आईएसआई ने इन फंडों और हथियारों और गोला-बारूद का कुछ हिस्सा खालिस्तानी आतंकवादियों को दे दिया। प्रतिशोध में 1980 के दशक के मध्य में रॉ ने अपने स्वयं के दो गुप्त समूहों, काउंटर इंटेलिजेंस टीम-X (CIT-X) और काउंटर इंटेलिजेंस टीम-J (CIT-J) की स्थापना की। पहला सामान्य रूप से पाकिस्तान को निशाना बना रहा था और दूसरा खालिस्तानी समूहों पर ध्यान केंद्रित कर रहा था। पाकिस्तानी सैन्य विशेषज्ञ आयशा सिद्दीका के अनुसार पाकिस्तान के अंदर आतंकवादी अभियानों को अंजाम देने के लिए दो समूह जिम्मेदार थे। प्रमुख पाकिस्तानी शहरों विशेष रूप से कराची और लाहौर में बम विस्फोटों का एक निम्न-श्रेणी का लेकिन स्थिर अभियान चलाया गया था। इसने आईएसआई के प्रमुख को रॉ में अपने समकक्ष से मिलने और जहां तक पंजाब का संबंध है, नियमों पर सहमत होने के लिए मजबूर किया। बातचीत तत्कालीन-जॉर्डनियन क्राउन प्रिंस हसन बिन-तलाल द्वारा की गई थी, जिनकी पत्नी, राजकुमारी सर्वथ, पाकिस्तानी मूल की हैं। इस बात पर सहमति बनी कि पाकिस्तान तब तक पंजाब में गतिविधियां नहीं करेगा, जब तक कि रॉ पाकिस्तान के अंदर अशांति और हिंसा पैदा करने से परहेज करेगा। अतीत में, पाकिस्तान ने रॉ पर एक अलग राज्य की मांग करने वाले सिंधी राष्ट्रवादियों का समर्थन करने का आरोप लगाया। इसके साथ ही सेराइकियों ने एक अलग सेराकी राज्य बनाने के लिए पाकिस्तान के पंजाब के विभाजन का आह्वान भी किया। भारत इन आरोपों से इनकार करता है। हालांकि, विशेषज्ञ बताते हैं कि भारत ने पाकिस्तान के बलूचिस्तान में विद्रोहियों के साथ-साथ अफगानिस्तान में पाकिस्तान विरोधी ताकतों का समर्थन किया। लेकिन कुछ विशेषज्ञों का कहना है कि भारत अब ऐसा नहीं कर सकी।
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