2008 के मालेगांव विस्फोट मामले में बरी होने के बाद, पूर्व भाजपा सांसद साध्वी प्रज्ञा ठाकुर ने कहा कि यह फैसला भगवा, सनातन और राष्ट्र की जीत है। उन्होंने कांग्रेस पर राजनीतिक लाभ के लिए इस मामले को गढ़ने और राष्ट्रवादियों को बदनाम करने का आरोप लगाया। ठाकुर ने कहा कि वह तमाम कठिनाइयों के बावजूद देश की सेवा करती रहेंगी। एएनआई से बात करते हुए, ठाकुर ने कहा कि भगवा, सनातन और राष्ट्र की विजय हुई है। मुझे बहुत कठिनाइयों का सामना करना पड़ा, लेकिन मैं भविष्य में देश के लिए हर संभव प्रयास करती रहूँगी।
पूर्व भाजपा सांसद ने दावा किया कि कांग्रेस ने पूरे मामले को झूठा बनाया। यह मामला निराधार था। कांग्रेस हमेशा आतंकवादियों के लिए सम्मानजनक शब्दों का इस्तेमाल करती है। कांग्रेस पार्टी राष्ट्र-प्रेमी पार्टी नहीं बन सकती। इस बीच, शुक्रवार को, बरी हुए आरोपियों में से एक, समीर कुलकर्णी ने एनआईए अदालत को धन्यवाद दिया और 2009 के चुनावों से पहले तत्कालीन कांग्रेस-नीत महाराष्ट्र सरकार पर तुष्टिकरण की राजनीति करने का आरोप लगाया।
समीर कुलकर्णी ने एएनआई को बताया कि हमने तुरंत अदालत का आभार व्यक्त किया। हमने बहुसंख्यक हिंदू समुदाय के स्वाभिमान के लिए यह कानूनी लड़ाई लड़ी। तत्कालीन कांग्रेस सरकार ने 2009 के विधानसभा चुनावों के लिए मुस्लिम तुष्टिकरण का यह जघन्य कृत्य किया और वे मालेगांव के निर्दोष पीड़ित करदाताओं की जान भी नहीं बचा पाए। 31 जुलाई को, मुंबई की विशेष एनआईए अदालत ने गुरुवार को 2008 के मालेगांव विस्फोटों में शामिल सभी सात आरोपियों को बरी कर दिया।
अदालत ने कहा कि अभियोजन पक्ष मामले को संदेह से परे साबित करने में विफल रहा। एनआईए अदालत ने महाराष्ट्र सरकार को पीड़ितों के परिवारों को 2-2 लाख रुपये और घायलों को 50-50 हजार रुपये का मुआवजा देने का भी आदेश दिया है। पूर्व सांसद साध्वी प्रज्ञा, मेजर (रिटायर्ड) रमेश उपाध्याय, सुधाकर चतुर्वेदी, अजय रहीरकर, सुधांकर धर द्विवेदी (शंकराचार्य) और समीर कुलकर्णी समेत कुल 7 लोगों को आरोपी बनाया गया था।
