छांगुर बाबा पर एक बड़े धर्मांतरण रैकेट का मास्टरमाइंड होने का आरोप है, जिसने खुद को और अपने संगठन को राष्ट्रीय स्वयंसेवक संघ (आरएसएस) से संबद्ध होने का झूठा दावा किया था। वर्तमान में उत्तर प्रदेश आतंकवाद निरोधक दस्ते (एटीएस) की हिरासत में है और धार्मिक बातचीत के आरोपों के संबंध में उससे पूछताछ की जा रही है। प्रारंभिक जांच में पता चला कि उसके रैकेट को मुख्य रूप से मध्य पूर्व से और राज्यों में अवैध संपत्तियों से 106 करोड़ रुपये का विदेशी वित्त पोषण प्राप्त हुआ था, जिसके बाद प्रवर्तन निदेशालय भी जांच में शामिल हो गया है।

छांगुर बाबा उर्फ जमालुद्दीन, भारत प्रतिनिधि सेवा संघ नामक एक संगठन का महासचिव (अवध) था, जिसका संचालन इस मामले के एक अन्य आरोपी ईदुल इस्लाम द्वारा किया जा रहा था। जाँचकर्ताओं के हवाले से बताया कि संगठन का नाम जानबूझकर इसलिए रखा गया ताकि यह गलत धारणा बने कि यह आरएसएस से संबद्ध है। आरोपी ने संगठन के लेटरहेड पर प्रधानमंत्री नरेंद्र मोदी की तस्वीर भी इस्तेमाल की थी। विचार को विश्वसनीयता प्रदान करने के लिए, इस्लाम ने संघ के मुख्यालय नागपुर में संगठन का एक फर्जी केंद्र भी स्थापित किया। एटीएस जाँच के अलावा, छांगुर बाबा पर धन शोधन के आरोप भी लगे हैं, क्योंकि लखनऊ स्थित ईडी के क्षेत्रीय कार्यालय ने उनके खिलाफ धन शोधन निवारण अधिनियम (पीएमएलए) के तहत मामला दर्ज किया है। 

जांच से जुड़े पुलिस अधिकारियों ने बताया कि छांगुर बाबा और इस्लाम द्वारा संचालित धर्मांतरण गिरोह उन लोगों को निशाना बनाता था जो अपनी मनोकामना पूरी करने के लिए दरगाहों पर जाते थे। हिंदू महिलाएं और उदार धार्मिक आस्था वाले परिवार भी इस गिरोह के निशाने पर थे। यूपी एटीएस ने शुक्रवार को छांगुर बाबा गिरोह द्वारा चलाए जा रहे धर्मांतरण रैकेट से कथित तौर पर जुड़े एक व्यक्ति को गिरफ्तार किया था। पीटीआई ने देहरादून के वरिष्ठ पुलिस अधीक्षक अजय सिंह के हवाले से बताया कि अब्दुल रहमान नाम के इस व्यक्ति को सहसपुर इलाके से हिरासत में लिया गया और आगरा ले जाया गया, जहाँ पूछताछ के बाद उसे गिरफ्तार कर लिया गया।